Ins Zentrum des kirchlich-politischen Geschehens rückte Anfang des 15. Jahrhunderts die damalige Bischofsstadt Konstanz, als dort von 1414 bis 1418 das nach ihr benannte Konzil tagte. Es war von Kaiser Sigismund einberufen worden, um nach der Rückkehr der Päpste aus Avignon die umstrittene Frage nach dem rechtmäßigen Papst zu klären. Die Wahl fiel auf Kardinal Colonna, der sich als Papst dann Martin V. nannte.
Jesuiten und Kapuziner
Die in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts mit Martin Luther anbrechende Reformation breitete sich sehr schnell auch im südwestdeutschen Raum aus. Der Markgraf von Baden-Durlach und der in Heidelberg residierende Kurfürst der Pfalz gehörten zu den bedeutendsten Regenten, die die Reformation in ihren Gebieten einführten. Für die bald darauf einsetzende Gegenreformation, die insbesondere von den Jesuiten und den Kapuzinern gefördert und vorangetrieben wurde, ist die "Jesuitenkirche" in Mannheim bis heute ein bleibendes Zeugnis, nicht zuletzt für die mit der Gegenreformation verbundende Barockkultur.
Die rationalistische Geistesströmung aus der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts und der vor allem durch Kaiser Joseph II. geförderte aufgeklärte Absolutismus wirkten über das zu Vorderösterreich gehörende Freiburg in den südwestdeutschen Raum hinein. Ein Ausdruck für die klassizistische Kunst dieser Zeit ist der Dom in St. Blasien, die mächtigste Kuppelkirche in Deutschland.
Säkularisation und Neuordnung
Einen sich bis heute auswirkenden grundlegenden Umbruch brachten dann die Napoleonischen Kriege und die Säkularisation von 1803. Die politische Neuordnung im Südwesten Deutschlands hatte auch eine Neuordnung der kirchlichen Gebiete zur Folge. Das traditionsreiche Bistum Konstanz wurde aufgelöst. Nach zähen Verhandlungen mit der Regierung des 1806 neu gegründeten Großherzogtums Baden wurde 1821 mit der päpstlichen Bulle "Provida Solersque" die Oberrheinische Kirchenprovinz aus der Taufe gehoben. Sie bestand aus dem Erzbistum Freiburg und den Suffraganbistümern Fulda, Mainz, Limburg und Rottenburg (heute zählen nur noch Mainz und Rottenburg-Stuttgart dazu).
Die neue Diözese war zunächst ein künstliches Gebilde: Der Hauptteil stammte aus dem ehemaligen Bistum Konstanz, der Rest kam aus den angrenzenden Diözesen Speyer, Mainz, Straßburg, Worms und Würzburg. Die eigentliche Gründung des Erzbistums Freiburg erfolgte dann nach wiederum sehr langwierigen Verhandlungen 1827 mit der Einsetzung des ersten Erzbischofs, des Münsterpfarrers Bernhard Boll, durch die päpstliche Bulle "Ad dominici gregis custodiam". Das im 13. Jahrhundert als Bürgerkirche errichtete Freiburger Münster wurde Bischofskirche der Diözese.